ต้นกำเนิดของแอปเปิลฟูจิย้อนกลับไปในปี 1939 เมื่อสถานีทดลองไม้ผลสาขาโมริโอกะ กระทรวงเกษตร ป่าไม้ และการประมงของญี่ปุ่น ได้ผสมพันธุ์คุนิมิตสึเข้ากับพันธุ์ Marshal (Red Marshal) หลังจากใช้เวลา 23 ปีของการเพาะปลูก การทดลอง และการทดสอบในระดับภูมิภาคอย่างพิถีพิถัน พันธุ์ที่ได้จึงได้รับการตั้งชื่ออย่างเป็นทางการว่า Fuji ในปี 1962 แอปเปิลฟูจิซึ่งผลิตในญี่ปุ่นในปี 1939 โดยการข้ามพันธุ์ Kunimitsu และ Marshal และตั้งชื่ออย่างเป็นทางการในปี 1962 มีลักษณะพิเศษคือการสุกช้าและคุณภาพที่โดดเด่น แอปเปิลฟูจิไม่เพียงแต่รวมคุณลักษณะที่ยอดเยี่ยมหลายประการของพ่อแม่เท่านั้น แต่ยังแสดงคุณสมบัติพิเศษต่างๆ เช่น การสุกช้า คุณภาพที่เหนือกว่า รสชาติที่ยอดเยี่ยม และ-การเก็บรักษาที่ยาวนาน ในช่วงเวลาสั้นๆ แอปเปิ้ลฟูจิสามารถเข้ามาแทนที่แอปเปิ้ลคุนิมิตสึในญี่ปุ่นได้สำเร็จ และกลายเป็นแอปเปิ้ลพันธุ์ที่ได้รับการเพาะปลูกมากที่สุดในขณะนั้น

